Het achtergrondverhaal van Final Fantasy V wordt gefaseerd onthuld via tussenfilmpjes en interacties met niet-afspeelbare personages. Een millennium vóór de gebeurtenissen van het hoofdverhaal, een machtige magiër genaamd Enuo de wereld in gevaar gebracht met behulp van de kracht van een kwade entiteit genaamd de "Void". Het volk vergeldde zich door twaalf legendarische wapens te gebruiken om Enuo te verslaan; de Leegte zelf kon echter niet worden vernietigd. Bijgevolg splitsten de mensen de vier elementaire kristallen van de wereld in twee sets, waardoor ze in feite twee werelden creëerden. De Leegte werd toen verzegeld in een dimensionale kloof tussen de twee werelden.
Bijna duizend jaar gingen voorbij zonder incidenten, en beide werelden floreerden dankzij de krachten van hun Kristallen van Wind, Water, Vuur en Aarde. Nieuwe koninkrijken en steden floreerden, en reizen per schip fungeerde als een kritisch middel voor handel en communicatie. Echter, een sinistere kracht was in de tweede wereld aan het bewegen - sinds het ongeluk met de Leegte waren er kwaadaardige demonen verzegeld in een boom in het Grote Bos van Moore. De corrupte samensmelting van geesten ontstond als Exdeath, de primaire antagonist van het spel. Wanneer Exdeath geprobeerd om de wereld te claimen voor zichzelf, een groep helden genaamd de "Four Warriors of Dawn" (Galuf, Xezat, Dorgann en Kelger) verzegeld hem binnen de eerste wereld met behulp van de kristallen, en de vrede terug voor nog eens dertig jaar