Vier elementaire kristallen, elk met ontzagwekkende kracht, liggen verspreid door het rijk. Mannen begeren echter snel dingen die kracht bieden en gemakkelijk worden beschadigd door de macht die zij bezitten. Verleid door de beloofde kracht van de Kristallen, begint het koninkrijk van Baron niet-uitgelokte kracht te gebruiken om hen uit vredige naties te grijpen. De donkere ridder Cecil - Lord Captain van Baron's elitetroepen, de Red Wings - wordt door zijn koning bevolen de kristallen te bemachtigen, maar begint al snel de motieven van de vorst in twijfel te trekken. Getroffen door verdriet over zijn eigen daden, maar toch gebukt gaan onder zijn loyaliteit aan zijn land en zijn persoonlijke gevoel van eer, besluit Cecil uiteindelijk zich te wenden van het pad van duisternis en vernietiging. Woedend beschuldigt de koning hem van ontrouw, ontdoet Cecil van zijn bevel en stuurt hem weg om een ​​mysterieus beest te verslaan dat zich in de nabijgelegen Mistheuvel bevindt. Cecil begint aan een noodlottige reis die beproevingen, verraad, vriendschap, verlies en zelfontdekking zal brengen. Kan Cecil zijn ogen openen en de man van eer worden die hij moet zijn? Duik in de eerste RPG om het innovatieve Active Time Battle-systeem te integreren, nu verder verbeterd en verfijnd voor de Nintendo DS. Train en pas Whytkin aan door verschillende minigames te spelen en daag een andere speler uit voor onderlinge gevechten via een lokale draadloze verbinding.