Nadat zijn ijzeren plan om de wereld te regeren weggeroest was, ging krankzinnige kolonel Vermon CaTaffy psychisch tekeer. Helaas hebben je twee beste vrienden het zwaar te verduren gehad en zijn hun gevecht om te leven verloren. Zo gek als altijd heeft CaTaffy asiel gezocht bij 's werelds premier slechterik - Higharolla Kockamamie. Dankbaar voor deze 'Rolla Radical, heeft de kolonel de grootste, gemeenste Ultra-Sheik nucleaire aanvalstank gedoneerd aan de wereldheersende zaak van zijn mede-gek. Nu is het jouw missie om niet alleen de aarde te redden, maar ook wraak te nemen. Het is een baan die je zeker persoonlijk zult aannemen als je een natie van gewapende gekken infiltreert. Blaas een slagschip op. Een trein kapen. Zoek tientallen wapens en een waarheidsserum dat vijandelijke commandanten dwingt hun lef te morsen. Vernietig dan Vermon, Higharolla en het Aardbevingsapparaat met één dodelijke slag. Dit alles, terwijl je in radiocontact blijft met een foxy spion genaamd Jennifer en een Stealth copter piloot die in de buurt zullen zweven. Dus denk nou eens, Snake - ben je voldoende commandant om met dit Kockamamie-schema om te gaan?